1996年12月，经国家经贸委批准，公司组建集团，更名为“中国土木工程集团公司”；2000年9月，公司与铁道部脱钩，划归中央企业工委直接管理；2003年初，公司由国务院国资委直接管理；2003年9月，经国资委批准，公司与中国铁道建筑总公司实施战略重组，整体并入中国铁道建筑总公司；2007年12月，中土集团公司完成改制后的工商登记，名称变更为“中国土木工程集团有限公司”。2014年4月，中铁建中非建设有限公司（以下简称为：中非公司）整体划入中土集团；2014年8月，中非公司恢复设立；2015年7月，中非公司再次并入中土集团。